Beide Seiten gehören zu Priceline, ist also quasi wie Media Markt vs. Saturn. Agoda hat den Vorteil, dass es ein Bonusprogramm gibt, gute Apps mit z.B. Passbook fürs iPhone, was das Einchecken leichter macht und die Bezahlung erfolgt per Kreditkarte, wodurch man 1) um zusätzliche Gebühren für die Bezahlung herumkommt (wer jetzt nicht DKB etc. vor Ort nutzt) und 2) mit der passenden Kreditkarte noch Meilen für ein Vielfliegerprogramm sammeln kann. Nachteil: Es muss eben dann auch sofort bezahlt werden und bei den allermeisten Hotels ist bei Stornierung trotzdem die erste Nacht zu zahlen. Ebenfalls wird eine zusätzliche Bearbeitungsgebühr erhoben, die dann quasi über das Bonusprogramm 30 Tage nach Checkout wieder gut geschrieben wird.
Bei Booking.com hingegen zahlt man in der Regel in Cash vor Ort beim Einchecken und die Stornierung ist relaxter, oftmals sogar ohne Gebühren. Der Aufwand beim Checkin ist dafür höher und wenn man spät ankommt kann es Halt schon mal sein, dass das gebuchte Zimmer weg ist, da eben noch nicht gezahlt. Ein Bonusprogramm gibt es dort nicht.
Welche Seite mal nutzt, ist letztlich Geschmackssache, ich bin bei den letzten 100 Hotels 95-mal bei Agoda gelandet. Die Hotels sind meist auf beiden Seiten vorhanden, manche gibt es jedoch nur auf einer und manchmal sind recht interessante Preisunterschiede zu beobachten.
Pro-Tipp zu Agoda: Wer ein iPhone nutzt, sollte man die Preise der Webseite mit der iPhone-App vergleichen. Auch wenn man sich bei beiden mit demselben Account einloggt, sind die Preise bei vielen Hotels auf dem iPhone 20-30% günstiger... exakt dieselben Angebote! Macht nicht wirklich viel Sinn, ist aber so.