Nur eine Vermutung, aber ich denke, das ich damit nicht ganz falsch liege.
Es fällt auf, dass die Preise über Flugsuchmaschinen etwas günstiger sind. Ich behaupte jetzt einfach mal, das die Suchmaschine einen Preis ausspuckt, der quasi nur einen Sitzplatz, irgendwo im Flieger, ohne Mehrwerte der Fluggesellschaft beinhaltet. Also kein Zug zum Flug, keine Sitzplatzwahl, und was es sonst noch geben könnte. Aufgrund der Ersparnis ist man dann geneigt, den vermeintlich günstigeren Flug zu buchen. Aber der Zugang zu den Mehrwerten ist damit verschlossen. Und hätte ich eine Fluggesellschaft, würde ich es auch so machen. Wenn mein gesamtes Leistungspaket über Suchmaschinen zu buchen wäre, bräuchte ich kein eigenes Buchungsportal, kein Vielfliegerprogramm usw.
Das war jetzt nur meine persönliche Einschätzung zu dem Thema, die ich nicht belegen kann.
Zur Frage, warum Rail and Fly nicht überall so komfortabel wie bei Emirates zu buchen ist. Tja, nur eine Idee hätte ich dazu. Die anderen Fluggesellschaften hoffen vielleicht, dass es bei der Buchung vergessen wird, und so der Ertrag je Ticket erhöht wird, da es nachträglich nicht mehr zu bekommen ist.